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组成此化合物的不同原子间必以一定比例存在，换言之，化合物不论来源如何，其均有一定组成。在日常生活里，氯化钠、及蒸馏水（水），均为常见的化合物。由这些化合物中，人们发现它们的性质彼此各不相同，为钠原子和氯原子所组成；糖为碳、氢及氧等原子所组成；氢气在氧中燃烧则反应生成水。

在分子里，由于氯原子对于电子对的吸引力比氢原子的稍强一些，所以电子对偏向氯原子一方，因此氯原子一方略显负电性，氢原子一方略显正电性，但作为分子整体仍呈电中性。这样以共用电子对形成分子的化合物，叫共价化合物。如水、二氧化碳等都是共价化合物。

只要求选这三种不同极性的溶剂系统，使目标峰在不同的保留时间出峰。如ESI-MS，APCI-MS。大极性化合物选用ESI-MS，极性很小的化合物选用APCI-MS，这些软电离质谱的特点是只给出化合物的准分子离子峰，通过正负离子的相互沟通来确定分子量。