电泳设备槽可以分为水平式和垂直式两类：

1垂直板式电泳是较为常见的一种，常用于电泳中蛋白质的分离。电泳槽中间是夹在一起的两块玻璃板，玻璃板两边由塑料条隔开，在玻璃平板中间制备电泳凝胶，凝胶的大小通常是12cm～14 cm，厚度为1mm～2 mm，近年来新研制的电泳槽，胶面更小、更薄，以节省***和缩短电泳设备的工作时间。

2水平式电泳设备，凝胶铺在水平的玻璃或塑料板上，用一薄层湿滤纸连接凝胶和电泳设备缓冲液，或将凝胶直接浸入缓冲液中。制胶时在凝胶溶液中放一个塑料梳子，在胶聚合后移去，形成上样品的凹槽。

电泳设备组成电泳槽、前处理水洗槽、喷淋槽、电泳电源、电泳超滤机、反渗透纯水机、烘箱或烘道。喷淋主要用于前冲洗和后冲洗，更适合于现场废水排放不便或对现场清洁卫生要求较高的客户。同时对需要回收一道反冲洗下来的漆更为方便；同时喷淋对结构复杂的工件更加适合,工作效率也更高。电泳涂装对使用纯水的要求较高，而对纯水的检测项目只有一个：电导率（μm/cm）。

由于电渗现象往往与电泳同时存在，所以带电粒子的移动距离也受电渗影响；如电泳方向与电渗相反，则实际电泳的距离等于电泳距离加上电渗的距离.琼脂中含有琼脂果胶，其中含有较多的***根，所以在琼脂电泳时电渗现象很明显，许多球蛋白均向负极移动。除去了琼脂果胶后的琼脂糖用作凝胶电泳时，电渗大为减弱。电渗所造成的移动距离可用不带电的有色染料或有色葡聚糖点在支持物的中心，以观察电渗的方向和距离。