在农业的部获得登记的生物有机肥生产企业，基本上以从事微生物肥料生产为主，在发酵生产工艺上，多采用槽式堆置发酵法，还有其他的发酵方法，如：平地堆置发酵法、发酵槽发酵法、密封仓式发酵法等在生产中也得到了应用。在发酵腐熟过程中物料的水分、碳氮比、温度等的调节及腐熟剂的使用是生产工艺的关键，特别是菌剂的应用直接影响着物料发酵的周期及腐熟程度。经过腐熟的物料基本实现了产品的无害化，从而也有利于后处理过程中所加入功能菌的存活。

生物有机肥的生产主要包括发酵菌促进物料腐熟过程、添加功能菌二次发酵过程和成品加工过程。通过发酵使物料完全腐熟是整个生产的关键环节，在发酵腐熟阶段，多数企业采用槽式堆置发酵法。水分、C/N 比、温度、pH、通风情况等过程参数直接影响物料腐熟的程度和发酵周期。待物料完全腐熟后，添加固氮菌、溶磷菌、解钾菌等复合功能菌群进行二次发酵， 通过控制发酵条件提高产品中的有益活菌数， 从而达到增强生物有机肥肥效的目的。发酵结束后，为了提高产品的商品性和保证产品中有益微生物的存活率， 成品加工多以圆盘造粒后低温烘干工艺为佳。

生物有机肥主要来源于植物和动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功用的含碳物料，经过加工消弭了其中的******物质，富含大量有益物质，那为什么要把有机肥料制成颗粒状，与粉末相比，有什么益处呢？能够往肥料中添加一些无机的成分，进步肥效，粉状的假如添加无机成分容易吸潮和结块。施用起来便当一点，有的有机肥比重比拟轻，在大田施用的时分容易被风吹散，制成颗粒容易施用。