在农业的部获得登记的生物有机肥生产企业，基本上以从事微生物肥料生产为主，在发酵生产工艺上，多采用槽式堆置发酵法，还有其他的发酵方法，如：平地堆置发酵法、发酵槽发酵法、密封仓式发酵法等在生产中也得到了应用。在发酵腐熟过程中物料的水分、碳氮比、温度等的调节及腐熟剂的使用是生产工艺的关键，特别是菌剂的应用直接影响着物料发酵的周期及腐熟程度。经过腐熟的物料基本实现了产品的无害化，从而也有利于后处理过程中所加入功能菌的存活。

有机肥为农作物提供营养物质，可以改善泥土的构造及提供足够水费，氧气和营养，而营养土又称腐殖土，是由有机固体物质，经常微生物发酵腐熟而成的，质轻疏松，透水性能好、多孔隙、富含有机质，调理土壤中的水分，氧气，温度，营养。到达养土养根的效果。同时还能够改进土壤机构有机肥和营养土还可配合运用，将营养土作为基底，混合有机肥运用效果更佳。

生物有机肥设备所产产品是以鲜鸡、猪粪为原料，不含任何化学成份，而鸡、猪消化能力差，只能消耗掉25%的营养成份，而饲料中另外75%营养成分随粪便排出，从而使干成品含氮、磷、钾、有机质、氨基酸、蛋白质等成份。对堆肥产生的恶臭需加以防治与控制，避免二次污染。在堆料中加入发酵剂或快速分解菌可在较短时间内消减臭气，且感官效果较好;或者对堆肥场产生的恶臭气体以生物除臭技术等进行处理。