沉水植物除了通过根、叶吸收水体中的氮、磷及控制水体中营养盐浓度外，还可在光合作用过程中产生氧气扩散到根际并进入沉积物，影响沉积物氮、磷的循环。相关研究表明，沉水植物覆盖的区域中，氧气可以渗透至沉积物表层20 mm处，而在无沉水植物覆盖的区域，氧气的渗透深度仅4 mm；沉积物中的Fe2+在沉水植物根际氧化作用下形成Fe3+,并与PO43--P形成铁-磷复合体,***磷从沉积物释放到水体中。同时，沉水植物通过促进沉积物-水界面的反硝化作用，还原硝盐，释放出分子态氮(N2)或一氧化二氮(N2O)，减少水体中的氮营养盐。

在饱和光强下，陆生植物光合作用和呼吸作用适温度和忍耐范围显示出很大的变化，而大多数海草类在相对较狭的25-35℃温度范围内却显示出大饱和光强的光合作用。尽管某些物种光合作用的适温度比较相似(25-30 ℃)，但它们在较低的温度下(10-15 ℃)常常表现出光合作用能力的显著差异。沉水植物在生长发育过程中常会面临自然低温和/或高光、高温和/或高光的不利环境，在陆生植物中已有较多的研究，但是对沉水植物光合荧光生理特性的影响至今尚无相关研究报道。本文研究了在冬季温度和光照对菹草萌发和幼苗光合荧光生理特性的影响，以及夏季高温高光条件下菹草、苦草、狐尾藻和金鱼藻光合荧光生理特性的变化。

通过对梁子湖与湖北省其他四个不同水深的湖泊间菹草石芽萌发率月动态的野外调查和萌发实验，发现无光环境下菹草石芽的萌发率较有光下的小;五个湖泊的石芽均于7月初即开始萌发，相同月份不同湖泊石芽的平均萌发率基本与其平均水深成负相关关系，但12月初各湖泊的平均萌发率相近(>95%);同一湖泊水深越大，相同月份的萌发率越低，水深的增加能显著推迟萌发起始时间，但不改变其终萌发率(12月初>95%)。进一步研究发现在光照和缺乏基质的条件下，菹草石芽的萌发率和出苗率提高，光对菹草萌发苗根的生长无促进作用。

研究表明，苦草、黑藻、金鱼藻、伊乐藻、狐尾藻、菹草均能有效去除水体中的氮、磷等营养盐含量,其中以苦草效果好。

金鱼藻、伊乐藻、眼子菜、狐尾藻、苦草等沉水植物通过叶片吸收等方式，对水体中总磷具有较好的去除效果，尤其在春季和秋季，金鱼藻对水体中总磷的去除率高达92.00%，且对总溶解性磷的去除率也高达90.93%。在太湖梅梁湾的生态修复工程区中，沉水植物的根系吸收作用和化学反应促进作用使沉积物总氮、总磷营养盐分别由修复前(2003年)的7043、1370mg/kg降低至2929、352mg/kg。