水体富营养化不仅影响水资源的利用、渔业的发展，而且会刺激***藻类的暴发，使水域丧失生态功能和价值。同时，水体富营养化还给人们的生活和经济带来极大的危害和损失。相关调查表明，我国湖泊、水库富营养化的比例分别为77.00%、30.80%，湖泊富营养化成为我国严重的水环境问题之一。

沉水植物作为初级生产者，在水生态系统中起着重要作用，重建沉水植物群落结构被认为是修复富营养化水体的有效手段。我国富营养化浅水湖泊成功修复的案例以惠州西湖和太湖五里湖为典型。

不论沉水植物是否存在,藻类的生物量与湖水中氮、磷的含量呈正相关 。但藻类生命周期短，对水体中氮、磷营养盐固定能力弱，而沉水植物具有过量吸收营养物质的特性，个体大，生活周期长，体内积累的氮、磷多，储存较藻类稳定，能有效降低氮、磷循环速度、控制藻类的暴发 。

对于根系不发达的沉水植物如黑藻、伊乐藻、金鱼藻等,主要依靠自身叶片吸收水体中的营养盐，如NO3-、PO43-、CO2和HCO3-，进而与浮游植物形成竞争关系。研究表明，大量沉水植物可以导致水体中磷含量急剧下降，造成浮游植物缺乏营养盐而难以在夏天形成水华。

研究表明，苦草、黑藻、金鱼藻、伊乐藻、狐尾藻、菹草均能有效去除水体中的氮、磷等营养盐含量,其中以苦草效果好。

金鱼藻、伊乐藻、眼子菜、狐尾藻、苦草等沉水植物通过叶片吸收等方式，对水体中总磷具有较好的去除效果，尤其在春季和秋季，金鱼藻对水体中总磷的去除率高达92.00%，且对总溶解性磷的去除率也高达90.93%。在太湖梅梁湾的生态修复工程区中，沉水植物的根系吸收作用和化学反应促进作用使沉积物总氮、总磷营养盐分别由修复前(2003年)的7043、1370mg/kg降低至2929、352mg/kg。