配置的软件与系统的硬件资源相适应，除系统软件、应用软件外，还配置了在线故障诊断和杀毒软件等。CEMS设计的分析仪器和监测仪表包含了为日常维护人员检修提供的电信号接口，极大地方便了技术人员检修。?指示功能：数据采集与传输系统除了可以指示上述提到的自诊断和报警内容，还可以显示分析仪在校正循环中、校正气瓶低压、过量的校正误差等内容。

但国内的大气污染物排放标准与设备厂商所在国或地区相差较大，多数排放企业没有对被测得污染物成分充分地净化处理，同时气态污染物CEMS将向全谱分析和线状光谱技术方向发展，测量范围则逐渐向低浓度发展，追求更高的准确度和精密度。监测：指本系统可以实时监测企业对排放的废气中的***物质是否超标并同时向上级部门自动传输实时监测得出的数据。

?其它功能：主要分析仪器自诊断、自动控制、自动校准、系统网络化、错误代码指示等功能。系统具有自我诊断功能及厂家远程故障诊断功能；能够控制系统的日常运行，包括：自动校正，自动反吹采样系统过滤器。取样探头及过滤器可以自动反吹扫和远程控制反吹扫，防止堵塞；分析系统具有自动和远程标气校核功能；分析仪器、采样器、加热器、伴热管加热器具有故障自动报警功能 。

系统能生成和打印小时（至少45min的有效数据）、日（至少18h的有效数据）、月（至少22d的有效数据）、年报表，报表中包含大值、小值、平均值、参加统计的样本数等。系统的数据采集控制器能保证存储原始数据，可提供实时监测数据（7天以上），日均值数据、月均值数据和年均值数据，且所有均值数据存储年限均在10年以上。所提供的数据处理系统硬件能存储不低于10年（取决于硬盘容量）的监测小时平均值、监测参数数据，并能检索、打印和在屏幕上显示出来。