在鱼菜共生系统中，菜的种植就是采用就是水培、雾培以及基质培，在这里的基质培只能选用岩棉基质。对于水培与雾培来讲，它营养成分主要是来源养殖中鱼的粪便进行一系列的发酵，形成作物生长需要的肥料。这个与传统的无土栽培基本类似，经过植物吸收后，还会流入到养殖区域，不过经过种植设施的水需要经过过滤处理，才能再次流入到养殖区域中。




目前的鱼菜共生案例中了解，对于蔬菜品种的选择原则：容易成活为主。从目前的实际案例，基本以绿叶的蔬菜为主，西红柿、黄瓜、茄子、草莓、西瓜、平菇、香菇、木耳、生菜、木耳菜、油菜、***小白菜、油麦菜等。这些在种植过程中还是比较容易得，但实际的市场价格并不高。看重是就是是否容易成活，这一点很重要。鱼菜共生模式，对于农业整体发展而言，这个确实是不错的。但现在对于鱼菜共生模式而言，主要还是以鱼为主，才为辅。对于这一点，还是与实际的国情有关系。尤其是传统蔬菜种植的规模还是比较大的，蔬菜价格就一般了。它的整体发展还需要很大的时间和空间，也是算是农业发展的一部分。


基质栽培法：养殖水体直接与基质培的灌溉系统连接，养殖区排放的废液直接以滴灌的方式循环至基质槽或者栽培容器，经由栽培基质过滤后，又把废水收集返回养殖水体，这种模式设计更为简单，用灌溉管直接连接种植槽或容器形成循环即可。大多用于瓜果等较为高大植物的基质栽培，需注意的地方是，栽培基质必须选质如豌豆状大小的砾石或者陶粒，这些基质滤化效果好，不会出现过滤超载而影响水循环，不宜用普通无土栽培的珍珠岩、蛭石或废菌糠基质，这些基质因排水不好而容易导致系统的生态平衡***。

水生蔬菜系统，这种方式就如中国的稻鱼共作系统，不同之处在于养殖与种植分离式共生，即于栽培田块铺上防水布，返填回淤泥或土壤，然后浇水，构建水生蔬菜种植床。

把养殖池的水直接排放农田，再从另一端返还叫集回流至养殖池，这样废水在防水布铺设下无渗漏，而水生蔬菜又能充分滤化废液，同样达到良好的生物过滤作用，有点类似自然的沼泽湿地系统。如茭白与鱼共生、水芋慈姑等水生蔬菜的共生，都可以采用该系统设计。