为保证屋顶不漏水以及屋顶排水的顺畅，应该考虑双层防水系统与排水系统。也就是除建筑物屋顶原来设计的防水系统与排水系统之外，在种植层的底部再加设一道防水与排水措施。种植区域的排水利用排水层下的排水花管或者排水沟集中至排水口，然后经过雨水管路排进地面雨水池或者雨水渗透设备。在靠近雨水收集管路的种植区域外表还应该设置溢流口，碰到大暴雨，超过土壤渗透能力的降水可以经过溢流口直接往下排，不会导致屋顶大量积水。

雨水收集系统中流入脏水的解决方法：研究表明，刚下雨的时候，冲刷公路的雨水非常脏，除了垃圾、沙土等，还含有大量有机污染物。如果直接排入河道，会对河水水质产生严重影响。为此，在建设调蓄池的时候，会建设一个初期雨水池和一个调蓄池。下雨时，脏水会先灌入初期雨水池，直到灌满。此后再流入的雨水会流入调蓄池，这时流入的雨水已经是下了一阵后的雨水，

雨水渗透装置:是采用PE高分子材料一次性注塑成型的.作为一种雨水渗透装置,可以快速方便、安全地将雨水渗透至地下补充地下水,避免出现地面积水现象.在渗透装置的外围均匀回填碎石,碎石的外围包裹土工布,方便将雨水渗透,补充地下水.渗透装置内置不锈钢截污提篮,可以拦截并盛住沉淀在雨水中的沙粒和树叶等垃圾物,方便后期清理.