饲料发霉的原因：饲料在生产过程中由于原料自身水分过高、烘干或冷却系统的故障造成成品平均水分超标从而引发饲料早期霉变的现象一般比较少，因为成品的平均水分通过检测后如果超标会作处理，不会流入市场。但是在小批量生产过程中，由于制粒调质温度还没有调整到正常就已制粒完毕；颗粒离开环模时温度低，冷却器内的温度也低，饲料中水分子的活性弱，不容易散发。再加上冷却器中料层薄，空气流动的阻力小流量大，饲料在冷却时温度很快降到室温，但水分没有散发出来，造成水分超标。

发酵饲料的生产整个流程是：菌的扩繁、菌与底物原料的混合、厌氧包装、成品出库。这其中牵扯到的必备的设备有菌扩繁罐、混合机、热封口机，这三种是缺一不可的。首先一个菌扩繁罐对一般的小型客户而言尤其是养殖户自己生产用的情况下，可有可无，因为也可以直接购买成品的菌生产，但是对于饲料厂必须得上这个设备，可以降低一部分的成本。菌扩繁罐，简单的说就是把原始菌进行扩繁，有由原来的十公斤扩繁成500公斤。

由于各种微生物饲料的组合以及饲喂方法的不同，要针对不同的动物选用不同种类的微生物发酵饲料，养殖企业在选择微生物发酵饲料时应充分考虑动物种类，生理阶段，饲养条件和使用目的等因素，来确保每类产品都有明确的使用对象。

菌的搭配尤为关键，不同的动物肠道必须要搭配不同的才能更有效的让益生菌在动物体内发挥更有效的作用。