按照控制对象的不同，洁净室可分内工业洁净室与生物洁净室两大类。工业洁净室主要应用于电子、航天、航空、机械、能源等工业中，而生物洁净室主要应用于、生物制药、食品、化妆品等事业中。针对两类洁净室，洁净室设计也有不同。

净化对象

　　工业洁净室的灰尘、粒子只有一次污染，而生物洁净室的微生物、病菌等活的粒子不断生长繁殖，会诱发二次污染。因此，在洁净室设计中，工艺洁净室应着重于控制***粒径粒子浓度，而生物洁净室须着重于控制微生物的产生、繁殖和传播，同时控制其代谢物。

净化措施

　　在洁净室设计中，应为工业洁净室着重设计初中高三级过滤，而为生物洁净室设计时，主要着重于过滤和灭菌，消除微生物生长的条件，控制微生物的孽生、繁殖和切断微生物的传播途径。

隔墙工程

　　1、隔墙材料装卸应避免表面划伤、扭曲、撞击，避免下雨露天装、卸内装材料（特别是机制岩棉彩钢板、矿棉板等）。

　　2、金属壁板安装前应认真按施工图进行放线，套用门板的放线时应考虑。放线宜采用红外线水平仪，以保证精度。正式施工时，应对板材进行筛选，将表面有划伤、凹坑、对角线偏差较大的板材调整至不影响外观和功能的部位使用。

　　3、墙角应垂直交接，防止壁板倾斜扭曲，壁板垂直度偏差不得大于0.15%（以吊顶2600mm为例，垂直度偏差不得大于4mm）。

　　4、墙体板材安装应垂直，平整、位置正确，与吊顶板和相关墙体板的交接处，应采取防开裂措施；其接缝应进行密封处理。洁净室的洁净区，墙与墙、墙与地、墙与顶之间需采用铝合金圆弧过渡（内圆弧、外圆弧），墙与顶之间的圆弧应固定可靠，避免因吊顶上人而脱落。圆弧内支架应满布。非洁净区可不用圆弧过渡（根据实际情况作调整，如换鞋区一般同洁净区做法），墙与地不作圆弧。

　　5、墙体面板接缝间隙应一致，每条面板缝间隙误差不大于0.5mm，对角线偏差较大的板材应调整使用。

　　6、墙体面板上的电气接线盒、控制面板和管线穿越处的各种洞口，应位置正确、边缘整齐、严密、清洁、不产尘，并应以不燃或难燃材料封堵。安装门窗的预留洞口应符合设计要求，并应平整、严密、清洁、不产尘。

　　7、墙体板材安装的允许偏差和检查方法，应符合下表的要求。

系统运行客观引起的污染

　　这是指空调净化系统运行后，由于某些地方积累的尘粒和水分(或者湿度高)就可能会滋生微生物。微生物的代谢物粒径很小，容易通过过滤器进入洁净室内，使洁净度迅速下降。药厂平时单一的空气过滤并不能完全控制微生物，应该对空气进行定期消毒。空气消毒通用的方法有紫外线直接照射、臭氧消毒、喷撒***、静电吸附等技术。在使用***时要考虑耐药性，并采取至少两种方式的组合消毒法。特别应注意的是***的消毒效果不能持续并容易造成二次污染，而其它的消毒方都存在一定的弊端，因此为了避免滞尘问题，不应使用软管和软接头，更需要定期清洗空调系统的部件，避免微粒、水分和局部高湿度的产生。