间接标记的方法中应用了报告分子标记的探针，报告分子通过亲和酶促的方法进行显色。常用的报告分子如地高6辛，生物素。结合地高6辛抗6体或链霉亲和素上耦联的酶系统进行间接的底物反应检测。地高6辛标记核酸的历史可追溯到1987年，由于地高6辛是洋地黄的花和叶中特有的成分，检测时使用的地高6辛抗6体不会结合于其他的生物分子。这是相较于生物素标记系统的优势。地高6辛抗6体上可耦联碱性磷酸酶、过氧化酶，及荧光分子和胶体金等，根据不同的应用需求，呈现高信噪比的核酸检测结果。但需注意，由于引入了免6疫检测反应，在放大检测灵敏度的同时，应注意样品内源性酶的灭活，以降低检测背景。

通过不同标记方法的联合应用，还可在同一样本中实现染色体不同区域或细胞样本中不同RNA序列的多重检测。

使用分支DNA信号扩增的RNA FISH

Invitrogen? ViewRNA?和PrimeFlow?检测是使用分支DNA信号扩增 (bDNA) 来检测特异性信号的直接荧光RNA ISH方法。 使用***但兼容的信号扩增系统让RNA靶标的多重复用成为可能。 荧光RNA原位杂交检测分为四个主要步骤：样本制备、靶标杂交、信号扩增以及检测。 该方法可实现更高的特异性，更低的背景值和更高的信噪比。

在选用探针时经常会受到可利用探针种类的限制。如在建立DNA文库时，手头没有筛选特定***的克0隆探针，这时就可用寡核苷酸探针来代替。但必须首先纯化该***的编码蛋白，并测定6个以上的末端氨基酸序列，通过反推的核苷酸序列合成一套寡核苷酸探针。如果已有其它动物的同种***克0隆，因为人类和动物间在同一***的核苷酸顺序上存在较高的同源性，因此可利用已鉴定的动物***作探针来筛选人类***克0隆。对于***核苷酸序列背景清楚而无法获得克0隆探针时，可采用PCR方法扩增某段***序列，并克0隆人合适的质粒载体中，即可得到自己的探针。这种方法十分简便，无论***组DNA探针还是cDNA探针都可以容易地获得，而且，可以建立PCR的***检测方法，与探针杂交方法可作对比，可谓一举两得。