原位杂交(In Situ Hybridization)也叫原位杂交组化(in situ hybridization histochemistry, ISHH)，是一种固相分子杂交的方法，bai它是用标记的DNA或RNA为探针，在原位检测***或细胞内特定核酸序列的方法。探针的种类按所带标记物可分为同位素标记探针和非同位素标记探针两大类。常用的同位素标记物有3H、35S、125I和32P，非同位素标记物中目前很常用的有生物素、地高6辛和荧光素三种。探针的种类按核酸性质不同又可分为DNA探针、cDNA探针、RNA探针和合成寡核苷酸探针。

原位杂交术可在原位检测细胞合成某种多肽或蛋白质的***表达，有很高的敏***和特异性，已成为细胞生物学、分子生物学研究的重要手段。

原位杂交 (ISH) 是用于***固定***和细胞中特定核酸靶标的强大技术，能够获得与***表达和遗传位点相关的时间和空间信息。 虽然ISH的基本工作流程与印迹杂交近似，即核酸探针被合成、标记、纯化和特异性靶标退火，但其不同之处在于前者可通过可视化显示***内的结果来获得更多信息。 如今有两种基本方法来实现可视化显示原位RNA和DNA靶标，即荧光 (FISH) 和显色 (CISH) 检测。 每种检测方法本身的特点（见下表）使得FISH和CISH适用于截然不同的应用。 虽然两种方法均使用标记的、与样本杂交的靶标特异性探针，但每种方法用于可视化显示样本的仪器不同。 这里我们将强调每种方法的不同之处和各自的优势。

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根据不同的杂交实验要求，应选择不同的核酸探针。在大多数情况下，可以选择克0隆的DNA或cDNA双链探针。但是在有些情况下，必须选用其它类型的探针如寡核苷酸探针和RNA探针。例如，在检测靶序列上的单个碱基改变时应选用寡核苷酸探针，在检测单链靶序列时应选用与其互补的DNA单链探针（通过克0隆人M13噬菌体DNA获得）或RNA探针，寡核苷酸探针也可。长的双链DNA探针特异性较强，适宜检测复杂的靶核苷酸序列和病原体 ，但不适宜于***原位杂交，因为它不易透过细胞膜进入胞内或核内。在这种情况下，寡核苷酸探针和短的PCR标记探针（80～150bp）具有较大的优越性。