毒性物质流入厌氧污泥相比与好氧活性污泥，更容易受到毒性物质的***。和上述两点所阐明的一样，事实上更容易受到毒性物质***的也是厌氧污泥中的产甲1烷菌而非水解酸化菌。当废水中含有某种或多种毒性物质，其浓度还不足以严重***厌氧污泥中的水解酸化菌时，产甲1烷菌就已经受到***，污泥酸化现象就随之发生。因此，应对污染源可能存在的毒性***物进行排查。

厌氧废水处理技术是非常经济的技术，在废水处理成本上比好氧处理要便宜得多，特别是对中等以上浓度（COD>1500mg/L）的废水更是如此，尤其适用于高浓度有机废弃物的处理。厌氧处理成本的降低主要由于动力的大量节省，营养物添加费用和污泥脱水费用的减少。即使不计沼气作为能源所带来的收益，厌氧方法处理费用也仅为好氧方法处理费用的1/3或更低。如所产生的沼气加以妥善的利用，则处理费用更会大大降低，甚至带来相当可观的利润。

厌氧处理方法产生的剩余污泥比好氧处理方法少得多，且剩余污泥脱水性能好，浓缩时不需要使用脱水剂，因此，厌氧剩余污泥的处理要容易得多。由于厌氧微生物增殖缓慢，因而处理同样数量的废水仅产生相当于好氧处理方法的1/10~1/6的剩余污泥。厌氧处理方法所产生的污泥高度无机化，可用作农田肥料或作为新运行的厌氧处理装臵的菌1种出售。