pH值、温度等运行控制条件出现严重偏差由于厌氧污泥中产甲1烷菌对其生存条件的要求比水解酸化菌苛刻的多，所以当反应器的pH值或温度的控制范围出现很大的偏差，就会使产甲1烷菌的产甲1烷能力受到严重影响，而水解酸化菌所受到的影响却远远小于产甲1烷菌，其结果同样会导致厌氧反应器发生酸化现象。在完成厌氧污泥装车后，可采用静置、搅拌、晃动的方法，尽量排净污泥上层的污水，以保证足够的污泥浓度。

厌氧颗粒污泥毒表象:厌氧反应器去除率下降发现厌氧反应过程COD去除率下降，甲1烷产量明显减少时，要注意厌氧颗粒污泥是否已经开始毒，如果厌氧反应过程COD去除率几乎为零(进出水COD比较接近)，几乎不产甲1烷时，可初步判断厌氧颗粒污泥中1毒。挥发性脂肪酸VFA升高厌氧反应器排出的废水中，如果挥发性脂肪酸(VFA)浓度超出正常值并持续升高，甚至升至8-17mmol/L(正常时VFA浓度小于5mmol/L），即有厌氧颗粒污泥中1毒趋势。

厌氧废水处理设备负荷高，占地少。厌氧反应器容积负荷比好氧法要好得多，单位反应器容积的有机物去除量也因此要高得多，特别是新一代的高速厌氧反应器容积负荷率更高1，效果更好。因此其反应器体积小，占地少。厌氧处理方法可以处理很高浓度的有机废水。当有机废弃物浓度很高时，并不需要添加大量的稀释水。厌氧处理方法的菌4种（例如厌氧颗粒污泥）可以在中止供给废水与营养物情况下保留其生物活性与良好的沉淀性能至少一年以上。