影响颗粒污泥形成因素碱度一般认为，进水水质中碱度通常应在1000mg/L(以CaCO3计)左右，而对于以碳水化合物为主的废水，进水碱度：COD>1:3是必要的。有学者研究表明，在颗粒污泥培养初期，控制出水碱度在1000mg/L(以CaCO3计)以上能成功培养出颗粒污泥。在颗粒污泥成熟后，对进水的碱度要求并不高。这对降低处理成本具有积极意义。

应对污染源可能存在的毒性***物进行排查，并建立污染物排放源和污水站之间的事故排放通报机制，和潜在的毒性物质日常监测机制，是防止此类厌氧反应器酸化事故的有效应对措施。对于某些缺乏诸如N、P或其他微量元素的废水，投加足量的营养盐非常必要。因为厌氧污泥中无论是产甲1烷菌还是水解酸化菌，都需要这些元素进行新陈代谢以及合成细胞物质。

厌氧颗粒污泥毒表象:厌氧反应器去除率下降发现厌氧反应过程COD去除率下降，甲1烷产量明显减少时，要注意厌氧颗粒污泥是否已经开始毒，如果厌氧反应过程COD去除率几乎为零(进出水COD比较接近)，几乎不产甲1烷时，可初步判断厌氧颗粒污泥中1毒。挥发性脂肪酸VFA升高厌氧反应器排出的废水中，如果挥发性脂肪酸(VFA)浓度超出正常值并持续升高，甚至升至8-17mmol/L(正常时VFA浓度小于5mmol/L），即有厌氧颗粒污泥中1毒趋势。