商标入股出资程序不同，以商标使用权出资时，注册人与被***企业签订的是商标独占使用许可协议，因此需要把协议向商标局备案。商标入股应注意：公司有无不法经营或者有无应付的行政处罚；公司有无正在被强制执行或者正在诉告的案件等等重要的问题。如果这些问题有一个存在，入股将存在非常大的风险，可能得承担更多的责任。

若以商标使用权入股的，不办理商标转让，而办理商标许可使用合同，由你同意将上述商标在一定期限内许可给新开的公司使用，将本应收取的商标许可使用费作价入股。以商标使用权出资时，即使合作失败，商标注册人仍然拥有商标权，独占使用许可时间一到，注册人仍能重获使用权，此时商标权注册人承担的风险会小的多，而相应的，被许***企业承担了大部分风险。

按照出资程序，以商标权出资需要商标注册人向商标局申请将商标权转让给被***企业，经商标局核准后，自公告之日起商标权归属被***企业，才意味着注册人完成出资。商标入股有两种：一是商标所有权入股;二是商标使用权入股。若以商标所有权入股的，作价入股后办理商标转让手续，将您个人拥有的上述商标转让给你们新开的公司。