除人工清洗外，船舶还可以通过添加剂逐步清洗HSFO油舱和燃料系统中的沉淀物和沥青质污泥，这种方法相对安全且简单，可以为船舶节省很多时间成本和经济成本。由于清洗油舱所以污水含有色度，所以洗舱污水在处理时就需要用到水处理药剂-脱色剂。指南中重要的一个技术环节就是关于船舶在开始使用含硫量低于0.50%m/m的合规燃油前的燃油舱清洗问题。

定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞彻底检查和清洗，短期内安排***所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。在2015年，IMO实行排放控制区（ECA）内使用0.10%m/m含硫量上限的规则生效后，已经有很多船舶采用添加剂的方式清洗燃油舱成功的案例。残留物通常也会凝固并沉淀在燃油系统的各个部分，包括管道、沉淀柜和日用柜。

港口码头仓储企业主要储存油品、化工品、液化烃等。该港口企业的日均废水排放量就很大，废水毒性大，有机物种类繁多，生物降解性差。船舶进入船坞进行燃油舱清洗所需要的时间因船而异，但一般来说每个燃油舱清洗的平均耗时为2-4天，再加之对船舶燃油系统管路的冲洗。在2020年1月1日之前，***大部分使用HSFO的船队都不可能在很短的时间内进行干船坞检查、清洁。

如果由船员来进行油舱清洗，则每个油舱至少需要4天，考虑到不确定因素，每个舱好计划预留一周时间。油舱在清洗之前需要排空，这段时间也应计算在内，且冲洗船上燃油系统管路还需要1-2天。油舱清洗后的残余物应通过正确方式排放或由港口接收设施处理。如果雇佣工程队轮流清洗，则每个油舱至少需要2天，同样为周全考虑，好为每个油舱预留出4天时间。