船舶进入船坞进行燃油舱清洗所需要的时间因船而异，但一般来说每个燃油舱清洗的平均耗时为2-4天，再加之对船舶燃油系统管路的冲洗。目前大多数船舶使用的仍是高粘度高硫燃料油(HSFO)，此类燃料油会粘附在油舱内壁上，非常难清洁。提前预约船舶坞期，并应考虑船坞繁忙可能存在的压港现象；慎重安排船员自行清洗，应考虑到船员人手不足、疲劳、通风不足和安全问题。

每艘船彻底完成清洗和冲洗需要的时间大约为1-2周。经过上述彻底清洗和冲洗的油舱和管路，在接收合规的燃油后，基本可以满足公约的排放要求。清洗方法所用时间是基于航运实践的经验总结，并不一定适用于每一船舶。IMO也表示，船舶为满足0.50%m/m含硫量上限而备舱所需的时间和工作量难以预估。如果船舶在营运过程中安排人工清洗油舱，船长应首先考虑到人员进入密闭舱室的安全问题。

一些航运公司在更换使用燃油舱之前会使用化学添加剂进行清洗。实践证明，这是减少清洗油舱非常有效和经济的方式之一。指南中重要的一个技术环节就是关于船舶在开始使用含硫量低于0.50%m/m的合规燃油前的燃油舱清洗问题。冲洗船舱的灰土、船舱垫尘、油污等产生的废水，该类废水属于含油废水或含有一定毒性液体的污水。