LncRNA芯片

Long non-coding RNAs（lncRNAs）是一类转录本长度超过200 nt的功能性非编码RNA分子。lncRNA-Seq可一次性获得样本中全部的lncRNAs信息，对lncRNAs的类别、功能进行的深入分析，从而快速准确地获得与特定生物学过程（例如发育、***等）相关lncRNA信息。目前的研究已证实，lncRNA参与X染色体沉默，***组印记以及染色质修饰，转录ji活，转录干扰，核内运输等多种重要调控过程。随着对lncRNA在哺乳动物进化及人类***发生和发展中作用的日益关注，lncRNA调控机制已成为当前遗传学研究的热点问题。

筛选出差异表达的lncRNA是研究其在人类***发生中所扮演角色的基础。富衡生物为用户提供高通量的lncRNA芯片进行lncRNA表达谱分析，该芯片基于Agilent的SurePrint技术生产，实验。

技术优势

信息覆盖广泛：覆盖了多个quan威lncRNA数据库发布的数据；提供人，小鼠，大鼠的lncRNA检测。

lncRNA和mRNA同时检测：芯片上包含有的lncRNA和新的mRNA序列检测探针。一次芯片实验可同时对lncRNA和mRNA进行分析。

平台成熟可靠：采用Agilent原位喷墨合成技术，了高检测灵敏度和特异性。

数据分析：提供lncRNA和mRNA表达谱差异分析和功能分析，以及二者的关联分析。

RNA提取处理的步骤如下：

在玻璃烧杯中注入去离子水，加入DEPC使其终浓度为0.05%~0.1%（DEPC-H2O）。（DEPC二焦碳酸酯为活性很强的物，须在通风橱中小心使用）

将待处理的塑料制品放入一个可以高温灭菌的容器中，注入DEPC-H2O，使塑料制品的所有部分都浸泡到溶液中，在通风柜中37℃ 或室温下处理过夜。

将DEPC-H2O小心倒入废液瓶中，将装有DEPC- H2O 处理过的塑料制品的容器以铝箔封口，高温高压蒸汽灭菌至少30分钟。

灭菌塑料制品烘烤干燥，置洁净处备用。

玻璃和金属物品250 ℃烘烤3小时以上。

3.引物的OD数如何定量？

答：引物合成引物OD数是这样测定的：用紫外分光光度计，波长260nm，石英比色杯，光程为1厘米，测定溶液的光密度。目前定量蛋白质组学技术主要分为标记(label)策略和非标记的(labelfree)定量策略，其中标记策略又分为体内标记(如SILAC、15N标记)，以及体外标记(如iTRAQ、TMT标记)。测定时溶液的光密度好稀释到0.2-1.0之间。DNA干粉用一定体积的水充分振荡溶解以后，用1ml水稀释测OD值。需要根据稀释倍数换算出母液的OD值。

4.需要什么级别的引物？

答：引物常用的纯化方式脱盐、BioRP / OPC纯化、PAGE纯化、HPLC纯化。根据实验需要，确定订购引物的纯度级别。

7.如何检测引物的纯度？

答：实验室方便的作法是用PAGE方法。乳糖发酵试验:样品稀释后，选择三个稀释度，每个稀释度接种三管乳糖胆盐发酵管。使用加有7M尿素的16%的聚酰胺凝胶进行电泳。取0.2-0.5OD的引物，用尿素饱和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到饱和，上样前加热变性(95℃,2mins)。加入尿素的目的一是变性，二是增加样品比重，容易加样。600V电压进行电泳，一定时间后(约2-3小时)，剥胶，用荧光TLC板在紫外灯下检测带型，在主带之下没有杂带，说明纯度是好的。如果条件许可，也可以用EB 染色或银染方式染色。

而有的厂家提供Maldi-TOF质谱QC质量控制，从而保障了合成的准确率：

Bioneer使用多重Maldi-TOF质谱仪进行全自动装载及监测。证实试验:将产气管培养物接种煌绿乳糖胆盐(BGLB)肉汤管中，36士1°C培养48士2h，观察是否产气。 每份样品的质谱分析数据将自动插入到寡核苷酸的信息单中。Bioneer是世界上仅有的几个对生产的每份核苷酸 (单个寡核苷酸和高通量和成) 都用MALDI-TOF质谱仪检测进行核苷酸QC检测的厂商，而且免费提供质谱数据。

8.如何计算引物的浓度？

答：引物保存在高浓度的状况下比较稳定。加2倍体积异，倒转混匀后，可以看见丝状物，用100ul吸头挑出，凉干，用200ulTE重新溶解。引物一般配制成10-50pmol/ul。 一般情况下，建议将引物的浓度配制成50pmol/ul，加水的体积（微升）按下列方式计算：V (微升)= OD数*（乘）33 *（乘）*（乘）20000 / (除) 引物的分子量。引物的分子量可以从合成报告单上获得。如果需要配制成其他浓度，按上述公式换算。

注意：1 OD260= 33 ug/ml.