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作者:英瀚斯2022/2/11 22:53:16






RNA提取处理的步骤如下:

在玻璃烧杯中注入去离子水,加入DEPC使其终浓度为0.05%~0.1%(DEPC-H2O)。(DEPC二焦碳酸酯为活性很强的物,须在通风橱中小心使用)

将待处理的塑料制品放入一个可以高温灭菌的容器中,注入DEPC-H2O,使塑料制品的所有部分都浸泡到溶液中,在通风柜中37℃ 或室温下处理过夜。

将DEPC-H2O小心倒入废液瓶中,将装有DEPC- H2O 处理过的塑料制品的容器以铝箔封口,高温高压蒸汽灭菌至少30分钟。

灭菌塑料制品烘烤干燥,置洁净处备用。

玻璃和金属物品250 ℃烘烤3小时以上。



通常活性氧阳性对照在刺激细胞20-30分钟后可以显著提高活性氧水平。

收集细胞后装载探针:按照1:1000用无培养液稀释DCFH-DA,使终浓度为10微摩尔/升。细胞收集后悬浮于稀释好的DCFH-DA中,细胞浓度为一百万至二千万/毫升,37℃细胞培养箱内孵育20分钟。每隔3-5分钟颠倒混匀一下,使探针和细胞充分接触。用无细胞培养液洗涤细胞三次,以充分去除未进入细胞内的DCFH-DA。本方法采用两步法:推测试验:样品稀释后,选择三个稀释度,每个稀释度接种三管LST肉汤。直接用活性氧阳性对照及自己感兴趣的刺激细胞,或把细胞等分成若干份后刺激细胞。通常活性氧阳性对照在刺激细胞20-30分钟后可以显著提高活性氧水平。

2.、检测

对于原位装载探针的样品可以用激光共聚焦显微镜直接观察,或收集细胞后用荧光分光光度计、荧光或流式细胞仪检测。

对于收集细胞后装载探针的样品可以用荧光分光光度计、荧光或流式细胞仪检测,用激光共聚焦显微镜直接观察也可以。




单细胞RNA测序

单细胞RNA测序也称scRNA-Seq。通常而言,一般的***细胞RNA-seq实验会产生1000万个读数,如果一个***的频率超过50RPKM,即每百万读数中每千个碱基中超过50个,这一***即被认为有表达。泊松分布下,1kb长的***有超过500个读数和4%的小变异系数,即CV值;哺乳动物细胞通产含有200,000个mRNA,因此至少要用50个单细胞一起才能到达小CV值;考虑到逆转录的效率和环境干扰等因素,为得到准确的表达和细胞种类的识别,需要使用的细胞数量实际要更多。SNP是我们考察遗传变异的单位,据估计,人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。





9.如何计算引物的Tm值?

答:引物设计软件都可以给出Tm,与引物长度、碱基组成、引物使用缓冲的离子强度有关。

长度为25mer以下的引物,Tm计算公式为:

Tm =            4℃   (G + C)+ 2℃   (A + T)

对于更长的寡聚核苷酸,Tm计算公式为:

Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) - 600/size

公式中,Size = 引物长度。

Tm的定义:Tm = Temperature at which 50% of a given oligonucleotide is hybridized to its complementary strand. In the absence of destabilizing agents, like formamide or urea, Tm will depend on 3 major parameters: The sequence: a GC-rich sequence has a higher melting temperature. The strand concentration: high oligonucleotide concentrati f***or hybrid formation, which results in a higher melting temperature. The salt concentration: high ionic strength results in a higher Tm as cati stabilize the DNA duplexes.





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