在不同的工作区域应使用不同颜色或有明显区别标志的工作服，以便于鉴别。此外，当工作者离开工作区时，PCR实验室装修设计，不得将各区特定的工作服带出。清洁方法不当也是污染发生的一个主要原因，因此实验室的清洁应按试用剂贮存和准备区至扩增产物分析区的方向进行。不同的实验区域应有其各自的清洁用具以防止交叉污染。试用准备区设置要求配备：超净工作台或试用剂配置箱；试用剂冰箱；可调移液器一套(四支)；配有带滤芯(防止气溶胶)及无RNase酶的吸嘴；无粉的乳胶手套；涡旋器；专用工作服；无菌离心管。

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实验台表面的紫外照射应方便有效。由于紫外照射的距离和能量对去污染的效果非常关键，因此可使用可移动紫外灯(254nm波长)，在工作完成后调至实验台上60~90cm内照射。由于扩增产物仅几百bp，对紫外线损伤不敏感，因此紫外照射扩增片段必须延长照射时间，尤好是照射过夜。实验室及其设备的使用必须有日常记录。

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