化学污染包括有机物污染和无机物污染。有机物污染主要是有机***污染和有机样品污染。在大多数情况下，实验室中的有机***并不直接参与发生反应，仅仅起溶剂作用，因此消耗的有机***以各种形式排放到周边的环境中，排放总量大致就相当于***的消耗量。日复一日，年复一年，排放量十分可观。有机样品污染包括一些的有机样品，如、苯并(α)芘、、亚等。无机物污染有强酸、强碱的污染，***污染，污染等。其中、、铅、镉、铬等***的毒性不仅强，且有在***中有蓄积性。

检测过程对可能出现的假阳性和假阴性进行质量控制，除了检测商品***盒所提供阳性和阴性对照外，每次临床样本检测时，至少应当有1份弱阳性和3份阴性质控样本（多份阴性质控样本设置对实验室“污染”所致假阳性的监控更为有效），随机放在所检测标本的中间。弱阳性质控样本可为检测阳性的灭活稀释后保存的临床样本、灭活病毒或假病毒颗粒等，如所采用的商品化***盒有“内标”控制假阴性，或弱阳性质控样本来源困难，可暂不设弱阳性质控。阴性质控样本采用标本采集管内溶液即可。质控样本应与临床标本同等对待，参与样本核酸提取和扩增检测全过程。

在国外，有专门的实验室废弃物处理站来集中收集处理。实验室废弃物集中处理站的管理规范、严格，安全环境保护意识极强。专门地点集中、专门房间、专门容器存放，专门人员管理，严格分区、分类，集中送特殊废品处理场处理。各种废弃物由各实验室分类上交后，处理站要对交来废弃物称重后将信息存进计算机，再分类放到规定地方集中。例如，报废源、废机油、报废化学***、化学合成“三废物”、***废弃容器等都分类存放。