自然界许多原料中含有很多有益的微生物，但这些原料一旦施入土壤中，其中的微生物会被土壤中无数的微生物吃掉。因而，不能在土壤中稳定成活，其效果也难以表现出来。但是，如果先将有益加到发酵后的发酵有机肥料里，发酵有机肥料本身是扩大培养基，从而使***大量增殖。这时再将微生物有机肥料施入土壤中，很快在土壤形成优势种群，对作物的根系能起到良好作用。发酵有机肥料对发挥微生物活性具有良好作用。

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地衣芽孢是微生物肥料的一种重要功能菌，其生防作用的机制以竞争、拮抗和诱导植物抗性为主，芽孢的生理特征丰富多样，分布广泛，极易分离培养，很容易在土壤和植物体表、根际形成优势微生物种群，从而有效地***具有相同营养和空间位点病原菌的生长和繁殖。地衣芽孢产生的拮抗物质主要有、***素、细胞壁降解酶类和其他蛋白。同时，地衣芽孢具有较强的蛋白酶、淀粉酶和脂肪酶活性，曲靖生物有机肥，不仅能***或杀害病原菌，而且可以降解土壤中的大分子有机物，活化土壤养分，有助于植物营养的吸收利用，提高作物产量，改善农产品品质。

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微生物肥料是肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动代谢来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。因此，微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。

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