在农业的部获得登记的生物有机肥生产企业，基本上以从事微生物肥料生产为主，在发酵生产工艺上，多采用槽式堆置发酵法，还有其他的发酵方法，如：平地堆置发酵法、发酵槽发酵法、密封仓式发酵法等在生产中也得到了应用。在发酵腐熟过程中物料的水分、碳氮比、温度等的调节及腐熟剂的使用是生产工艺的关键，特别是菌剂的应用直接影响着物料发酵的周期及腐熟程度。经过腐熟的物料基本实现了产品的无害化，从而也有利于后处理过程中所加入功能菌的存活。

与农家肥相比，生物有机肥的根本优势在于： 生物有机肥中的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定***，而农家肥属自然发酵生成，不具备优势功能菌的特别的效。

与生物菌肥相比，生物有机肥包含功能菌和有机质，有机质除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后功能菌容易定殖并发挥作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不适合有的土壤环境，无法存活或发挥作用。另一方面，生物有机肥比生物菌肥价格更为便宜。

发明适合的土壤环境。在酸性土壤上施用应中和土壤酸度后再施。土壤过火枯燥时，应及时灌浇。大雨过后要及时扫除田间积水，进步土壤的通透性。量体裁衣推行应用不同的微生物菌肥料。如根瘤菌肥料应在豆科作物上普遍施用，解磷、解钾类微生物肥料应施用于营养潜力较高的土壤。防止开袋后长期不用，要留意密封贮存以免菌中流失。开袋后长期不用，其他***就可能***袋内，使肥料中的微生物菌群的发作改动，影响其运用效果。防止在高温干旱条件下运用。

有机肥：主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功用的含碳物料。生物有机肥：是指特定功用微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处置、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。特性不同、有机肥：经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消弭了其中的******物质，富含大量有益物质。包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰厚的营养元素。不只能为农作物提供营养，而且肥效长。