在发酵物料的后处理方面，大多数企业加入功能菌进行复配、定形，产品剂型以粉尘为主，但也有采用滚筒造粒或挤压造粒的。颗粒产品克服了粉的剂产品外观差、层次低的缺点，提高了产品的商品性，但同时也提高了企业的生产成本，并对有效菌的存活产生了一定影响。 由于生物有机肥相比普通有机肥生产成本较高，主要应用在蔬菜、水果、***等高附加值的经济作物上，并取得了较好的效果。

作物施用生物有机肥后， 其中的发酵菌和功能菌大量繁殖， 对改良土壤、促进作物生长、减轻作物病害具有显著效果。主要原因在于：一、肥料中的有益微生物会在土壤中大量定殖形成优势种群， ***其他***微生物的生长繁殖，甚至对部分病原微生物产生拮抗作用，以减少其侵染作物根际的机会。

二、功能菌发挥***增进土壤肥力，比如施用含固氮微生物的肥料，可以增加土壤中的氮素来源；施用含解磷、解钾微生物的肥料，其中的微生物可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，以便作物吸收利用。

三、肥料中的许多微生物菌在生长繁殖过程中会产生对作物有益的代谢产物，能够刺激作物生长，增强作物的抗病抗逆能力。

现阶段， 国内种植户施用生物有机肥的积极性不高，生物有机肥使用率相对较低，主要在蔬菜、水果、***、烟和草等附加值较高的经济作物上应用。但随着人们消费水平和安全意识的提高， 对绿色有机农产品的需求日益增强， 生物有机肥将会成为农业生产的必然选择。

目前，生物有机肥在一些生态示范区、绿色和有机农产品基地应用取得了较好的效果， 这对生物有机肥今后的推广应用起到良好的示范作用。

生物有机肥是指特定功用微生物与主要以动植物残体为来源并经无害化处置、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。那么施用生物有机肥需求留意哪些问题呢？选用质量合格的微生物肥料。质量低下、有效活菌数达不到规则指标、杂菌含量高或已过有效期的产品不能施用。施用时尽量减少肥料中微生物的死去。应防止阳光直射菌肥，拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立刻覆土。普通菌肥不可与***的药、化肥混合施用。