调节微生物区系，改善土壤微生态系统。腐熟的有机肥中含有酵母菌、乳酸菌、纤维素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有机肥还含有固氮菌、硅酸盐***、溶磷菌、光合***和假单胞菌等一些有益菌，这些微生物除了具有产生大量活性物质的能力外，还具有固氮、溶磷、解钾的能力，有的还具有***植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生态环境的能力。此外，生物有机肥施入土壤后，能够调节土壤中微生物的区系组成，使土壤中的微生态系统结构发生有益改变。

微生物菌是生物有机肥料产品的核心，在生产过程中，一般有两个环节涉及到微生物的使用：

一是在腐熟过程中加入促进物料分解、腐熟兼具除臭功能的腐熟菌剂，其多由复合菌系组成，常见菌有光合菌、乳酸菌、酵母菌、放线、青霉、木霉等；

二是在物料腐熟后加入的功能菌，一般以同氮菌、溶磷菌、硅酸盐***、乳酸菌、假单胞菌、放线等为主，在产品中发挥特定的肥料效应。因此，对生物有机肥生产来说，微生物菌的筛选、使用是一项核心技术，只有掌握了这一项关键技术，才能加快物料的分解、腐熟，以及保证产品的应用效果。

生物有机肥就是含有活性有益菌即特定功能微生物且有机质含量达到40%的生物质肥料。生物有机肥也叫微生物菌肥，是农业生产中使用的肥料制品的一种，与化学肥料、有机肥料、绿肥性质不同，它是利用微生物的生命活动及代谢产物的作用，改善作物养分供应，向农作物提供营养元素、生长物质、调控其生长，达到提高产量和品质，减少化肥使用，提高土壤肥力的目的。

国内外大量研究表明， 施用生物有机肥可以有效防治土传病害。利用对枯萎病有拮抗作用的多黏类芽孢菌制成的生物有机肥， 其田间防治效果达到73％。由枯草芽孢菌Ⅱ-36 和Ⅰ-23 分别制成的茄子专用生物肥BIO-36 和BIO-23， 经盆栽试验验证，这两种肥料均能有效***茄子青枯病， 防病率分别为96％和91％。目前，生物有机肥在防治蔬菜、水果、***等作物土传病害方面效果十分显著， 是防治土传病害的一条重要且有效的生态调控防病途径。