微生物菌是生物有机肥料产品的核心，在生产过程中，一般有两个环节涉及到微生物的使用：

一是在腐熟过程中加入促进物料分解、腐熟兼具除臭功能的腐熟菌剂，其多由复合菌系组成，常见菌有光合菌、乳酸菌、酵母菌、放线、青霉、木霉等；

二是在物料腐熟后加入的功能菌，一般以同氮菌、溶磷菌、硅酸盐***、乳酸菌、假单胞菌、放线等为主，在产品中发挥特定的肥料效应。因此，对生物有机肥生产来说，微生物菌的筛选、使用是一项核心技术，只有掌握了这一项关键技术，才能加快物料的分解、腐熟，以及保证产品的应用效果。

基于目前化肥使用和农业废弃物现状， 积极寻求环保的化肥替代品， 积极探索农业废弃物资源化利用的方式，已成为国内外农业研究的热点。在此背景下， 生物有机肥以其独特的优势为农业废弃物和作物生长搭建起一座桥梁，开辟出一条以“农业废弃物－生物有机肥－作物”为循环模式的可持续发展道路。施用生物有机肥是提高土壤基础地力、改善农产品品质的重要途径。生物有机肥研制和生产的初衷是集有机肥料和生物肥料优点于一体， 既有助于提高作物产量，又能培肥土壤、调控土壤微生态平衡、减少无机肥料用量， 从根本上改善农产品品质， 符合中国农业可持续发展和绿色农产品生产的方向。

有机肥：主要指各种动物和植物等，经过一定时期发酵腐熟后形成的肥料（其中包括经过加工的菜籽饼，是没有异味的）。 有机肥含有大量生物物质、动植物残体、排泄物、生物废物等物质、施用有机肥料不仅能为农作物提供大面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分来源。