微生物菌肥不宜与杀菌剂、***、除草的剂同时使用，也不要在使用生物菌肥后再实行土壤消毒。生物菌肥适宜的土壤湿度为60%左右，所以要注意不要在过分干旱时使用。生物菌肥对于阳光中的紫外线敏感，不宜采用地表撒施，可以在阴天或清晨、傍晚于土壤中施用。生物菌肥施入土壤后，有一个菌群繁殖壮大的过程，因此，在果树根系开始生长前使用。

生产生物有机肥是农业废弃物资源化利用的重要手段。农业废弃物中含有丰富的作物生长必需的营养元素和有机养分， 将其资源化利用制成生物有机肥，通过微生物的作用使有机物矿质化、腐殖化和无害化，以供作物吸收利用，不仅可以缓解农业废弃物对环境的压力，也可以变废为宝，获得一定的经济效益。

生物有机肥作为一种无污染环保型产品，是农业可持续发展的必然选择。

生物有机肥是指特定功用微生物与主要以动植物残体为来源并经无害化处置、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。那么施用生物有机肥需求留意哪些问题呢？选用质量合格的微生物肥料。质量低下、有效活菌数达不到规则指标、杂菌含量高或已过有效期的产品不能施用。施用时尽量减少肥料中微生物的死去。应防止阳光直射菌肥，拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立刻覆土。普通菌肥不可与***的药、化肥混合施用。