在发酵物料的后处理方面，大多数企业加入功能菌进行复配、定形，产品剂型以粉尘为主，但也有采用滚筒造粒或挤压造粒的。颗粒产品克服了粉的剂产品外观差、层次低的缺点，提高了产品的商品性，但同时也提高了企业的生产成本，并对有效菌的存活产生了一定影响。 由于生物有机肥相比普通有机肥生产成本较高，主要应用在蔬菜、水果、***等高附加值的经济作物上，并取得了较好的效果。

多类芽孢干菌：多粘类芽孢干菌可以产生多粘菌素，而多粘菌素分子中的环状构造可以插入到***细胞膜中，从而改动细胞膜的浸透性，形成细胞内含物的流失招致***病菌死掉；多粘类芽孢干菌产生的核苷类扛菌素多氧没素能作用于***的细胞壁，惹起***生长时的菌丝端构成收缩泡而决裂。 解淀粉芽孢干菌：解淀粉芽孢干菌的作用机理主要包括分泌菌物质，产生拮抗作用，营养与空间的竞争，诱导寄主产生抗性和促进植物生长等。

堆肥：以各类桔秆、落叶、青草、动植物残体、人畜粪便为原料，与少量泥土混合堆积而成的一种有机肥料。

沤肥：沤肥所用原料与堆肥基本相同，只是在淹水条件下进行发酵而成。

厩肥：指猪、牛、马、羊、鸡、鸭等畜禽的粪尿与秸秆垫料堆沤制成的肥料。

沼气肥： 在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣。

绿肥：利用栽培或也生的绿色植物体作肥料。如豆科的绿豆、蚕豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科绿肥有黑麦草、肥田萝卜、小葵子、满江红、水葫芦、水花生等。