在农业的部获得登记的生物有机肥生产企业，基本上以从事微生物肥料生产为主，在发酵生产工艺上，多采用槽式堆置发酵法，还有其他的发酵方法，如：平地堆置发酵法、发酵槽发酵法、密封仓式发酵法等在生产中也得到了应用。在发酵腐熟过程中物料的水分、碳氮比、温度等的调节及腐熟剂的使用是生产工艺的关键，特别是菌剂的应用直接影响着物料发酵的周期及腐熟程度。经过腐熟的物料基本实现了产品的无害化，从而也有利于后处理过程中所加入功能菌的存活。

基于目前化肥使用和农业废弃物现状， 积极寻求***环保的化肥替代品， 积极探索农业废弃物资源化利用的方式，已成为国内外农业研究的热点。在此背景下， 生物有机肥以其独特的优势为农业废弃物和作物生长搭建起一座桥梁，开辟出一条以“农业废弃物－生物有机肥－作物”为循环模式的可持续发展道路。施用生物有机肥是提高土壤基础地力、改善农产品品质的重要途径。生物有机肥研制和生产的初衷是集有机肥料和生物肥料优点于一体， 既有助于提高作物产量，又能培肥土壤、调控土壤微生态平衡、减少无机肥料用量， 从根本上改善农产品品质， 符合中国农业可持续发展和绿色农产品生产的方向。

国内外大量研究表明， 施用生物有机肥可以有效防治土传病害。利用对枯萎病有拮抗作用的多黏类芽孢菌制成的生物有机肥， 其田间防治效果达到73％。由枯草芽孢菌Ⅱ-36 和Ⅰ-23 分别制成的茄子专用生物肥BIO-36 和BIO-23， 经盆栽试验验证，这两种肥料均能有效***茄子青枯病， 防病率分别为96％和91％。目前，生物有机肥在防治蔬菜、水果、***等作物土传病害方面效果十分显著， 是防治土传病害的一条重要且有效的生态调控防病途径。