在苹果、柑橘、葡萄、梨、草莓、李子和猕猴桃等多个树种上的研究结果表明，生物有机肥明显提高了果品品质。内在品质上主要提高了果实的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香气品质；从外在品质看，提高了果实着色度和硬度，果形大小较匀称。在设施栽培桃上的研究结果表明，施用生物有机肥比对照施用鸡粪明显改善了桃子品质，可溶性糖含量增加1.0%，可滴定酸含量降低3.5%；施用生物有机肥的红地球葡萄果实糖度达到14.39；显着改善了富士苹果果实的香气品质，挥发性物质多13个成分，含量多5.7个百分点。

试验结果表明，生物有机肥可有效促进果树的生长发育。研究表明，设施桃树上施用生物有机肥后，显着提高了土壤温度，10厘米根际土壤温度平均升高2.2℃；促进了土壤表层根系的发生与生长，细根数量比对照增加1.5倍；明显提高了设施内桃的坐果率，比对照提高45.6%；成熟期提前，比对照早熟10-12天。在设施草莓上施用生物有机肥后，植株生长明显改善，所有指标均高于对照，根呼吸强度和根系生长点数分别增加2.5倍和1.2倍，新根总表面积和根冠比分别增加117.3%和44.9%，叶片光合强度提高70%以上。

与农家肥相比，生物有机肥的根本优势在于： 生物有机肥中的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定***，而农家肥属自然发酵生成，不具备优势功能菌的特别的效。

与生物菌肥相比，生物有机肥包含功能菌和有机质，有机质除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后功能菌容易定殖并发挥作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不适合有的土壤环境，无法存活或发挥作用。另一方面，生物有机肥比生物菌肥价格更为便宜。