微生物菌肥不宜与杀菌剂、***、除草的剂同时使用，也不要在使用生物菌肥后再实行土壤消毒。生物菌肥适宜的土壤湿度为60%左右，所以要注意不要在过分干旱时使用。生物菌肥对于阳光中的紫外线敏感，不宜采用地表撒施，可以在阴天或清晨、傍晚于土壤中施用。生物菌肥施入土壤后，有一个菌群繁殖壮大的过程，因此，在果树根系开始生长前使用。

与农家肥相比，生物有机肥的根本优势在于： 生物有机肥中的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定***，而农家肥属自然发酵生成，不具备优势功能菌的特别的效。

与生物菌肥相比，生物有机肥包含功能菌和有机质，有机质除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后功能菌容易定殖并发挥作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不适合有的土壤环境，无法存活或发挥作用。另一方面，生物有机肥比生物菌肥价格更为便宜。

生物有机肥主要来源于植物和动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功用的含碳物料，经过加工消弭了其中的******物质，富含大量有益物质，那为什么要把有机肥料制成颗粒状，与粉末相比，有什么益处呢？能够往肥料中添加一些无机的成分，进步肥效，粉状的假如添加无机成分容易吸潮和结块。施用起来便当一点，有的有机肥比重比拟轻，在大田施用的时分容易被风吹散，制成颗粒容易施用。