责任不清：很多企业管理人员，眼看着公司的效益提不上去，整天忙碌着各部门的监督工作，然而始终查不清楚是那个环节出了问题。

在和客户谈讨的时候，高管们也只能望而叹息的说，公司的流程太乱，没办法理清。然而ERP成本管理系统可以解决这一问题，原因是ERP是环环相扣的，将各部门串联在一起，一个环节没做到位，下一个环节就没办法进行，从中就反应出了各部门人员对工作的负责态度。当上一个部门工作了以后，下一个部门无法工作时，管理者就很容易发现问题。举一个简单的例子，出货期越来越接近了，然后大货生产还没有进行，原因是什么呢？生产指令表（工单）没有到生产部，谁都不敢生产。各部门、各业务环节，实际上存在大量经验丰富、文化程度不高的老员工，逼迫他们操作ERP系统无异于张飞绣花。生产指令表为什么没到生产部呢？原因是BOM没有出来，BOM为什么没出来呢？原因是技转的***纸板没放出来，技转为什么放不出来呢？原因是开发的确认样没有打出来？这时候管理者就不难发现原来是开发出了问题，从中做正确的决策调整，及时的解决此问题。

员工对新工作方式的抵触：这主要集中在习惯上的抵抗，因为企业实施ERP系统会要求更高的员工素质和技能，原有的长期积累的技能是否能再用员工心中无底，新技术、新制度要求什么样的员工具有什么样的技能，在实施之前没有人能够对员工说得清楚，甚至在某些时候新技术、新制度的实施还会造成原有的工作福利的丧失和原有的工作岗位的消失;同时实施ERP还会重新设计工作流程，即要对员工熟悉的工作和生活方式进行改变，这些因素都造成员工害怕影响自己的工作方式和工作环境，导致他们在心理上产生不安全感和紧张感，从而产生抵触情绪。众所周知，中小企业在ERP成本管理系统的实施过程中一直遇到挑战。

受公司文化影响所产生的定制化需求：每个公司都会有其牢不可破的公司文化与工作、运作模式，当企业进行ERP系统导入时，若非ERP系统没此功能，就是ERP系统所提供的功能不符公司所需，此时就会有定制化需求的产生。

例如大部份的ERP软件都提供了简单的Sales佣金计算功能，但企业在实际运作上，其Sales佣金计算方式可能要复杂得多，且牵涉到的层面又广，像此类的定制化问题，势必也只能依照各公司的实际需求另行定制。