为了使产生的***获得***佳效果，仔细地设计抗原多肽是很有必要的，设计应满足一个基本条件：在***过程中，该抗原既不会产生过强的***反应，同时又能产生出对感兴趣的蛋白有结合能力的***。抗原设计是一个很复杂的课题，有诸多需要注意的细节。根据我们所积累的经验，有几点关键的基本设计原则可供大家参考：

确定***的用途
新开展一个研究项目，弄清楚所感兴趣的蛋白的一些基本特性是很有必要的，特别是如果知道蛋白的结构会对选择***易于接触和识别的区域有很大的帮助。然而，在没有这样***的结构信息的情况下，了解研究的用途会影响多肽设计的策略。例如：如果研究***是集中在蛋白的不同区域，如C端或N端，或在一种特定状态下的蛋白，如磷酸化等，那么按照所需序列设计的多肽和产生的相应的***在应用上应该没有太大的困难，然而，蛋白的构象将影响***与其识别区域之间的相互作用。这种情况下可能存在的问题是如果在折叠的蛋白中，该识别区域被藏在蛋白的内部，***将无法接触到该区域，则无法产生相互作用。

识别区域的选择原则
一般说来***理想的抗原识别区域应具备亲水、位于蛋白表面和结构上易变形性等特点。因为在大多数的天然环境中，亲水区域倾向于集中在蛋白表面，而疏水区域常常被包裹在蛋白内部，同样道理，***只能与在蛋白表面发现的识别区域相互作用，而当这些识别区域有足够的结构易变形性而转移到***可接触的位置时，将会与***间有很高的亲和性。

连续的与不连续的识别区域
连续的区域是指由连续的氨基酸序列构成的识别区域。大多数***是针对连续识别区域的，***能与这类区域以很高的亲和力相结合表明这段序列不在蛋白内部。不连续的识别区域是代表有一定折叠的一段多肽序列，或是将两段分离开的多肽连在一起的***的识别区域。在某些情况下，针对这样不连续识别区域的***也能产生，只是用来***的抗原多肽必须具备与该不连续识别区域相似的二级结构，而序列的长度需要符合相关的要求。
 
基本建议
为了避免识别区域隐藏在蛋白内部的风险，我们通常建议选择蛋白的N，C两端来产生的相应的***。因为在完整的蛋白中，N，C两端通常是暴露在蛋白表面的。然而，一定要注意膜蛋白的C端疏水性太强，不适合作为抗原。
 
序列的长度
通常我们建议抗原多肽的序列长度在8-20个氨基酸残基之间，如果太短，就有多肽特异性不强、所产生的***与天然蛋白之间的结合能力不够强的风险；但是，如果序列长度超过20，将有可能引入二级结构，所产生的***失去特异性的可能，而且肽链越长，通常合成难度增大，不易获得高纯度的产品。
 
载体蛋白交联的选择 
将载体蛋白加在远离***识别区域的一端，在序列中没有Cys的情况下在N或C端加上Cys为交联的***方法。