有相当少的化合物能损坏气相色谱仪色谱柱固定相。不挥发性化合物（高分子量或高沸点）进入色谱柱通常会降低色谱柱的性能，但不会损坏固定相。使用溶剂冲洗色谱柱通常可消除残留并***色谱柱的性能。

    要避免进入色谱柱的主要化合物是无机酸和碱。酸类包括盐酸、***、硝酸、磷酸 等。碱类包括***、*** 和氢氧化铵。大多数这些酸和碱不易挥发，会积聚在色谱柱前端。如果不清除它们，将会损坏固定相。这样会造成色谱柱的过分流失，活性组分形成拖尾，以及/或降低柱效（分离度）。其征兆和热损坏及氧损坏相似。
    盐酸和氢氧化铵是这一类化合物中危害***小的。这两种物质易溶于样品中的水。如果水不停留或几乎不停留在色谱柱中，HCl 和NH4OH在色谱柱中停留的时间就会很短。这就消除或降低了这些化合物所造成损坏的可能性。因此，如果样品中含有HCl 或NH4OH，使用不保留水的环境或色谱柱，即可相对减小这些化合物对色谱柱的危害。
    只有全氟酸是可以损坏固定相的有机化合物。这些示例包括三***、五氟丙酸和***。它们需在高浓度（例如1% 或更高）时才有***作用。大多数问题发生在不分流进样或大口径直接进样的过程中，其中大量的样品会沉积在色谱柱前端。
    由于化学损坏多发于色谱柱的前端，因此把色谱柱的前端修整或切割掉1/2-1 米通常可以消除所有色谱方面的故障。在更为严重的情况下，可能需要切割掉5 米或更长的一段。使用保护柱或保留间隙柱会将对色谱柱的损坏降至***小，但是，需要经常修整保护柱。酸或碱常常会***熔融石英管线的脱活表面，从而引起活性化合物的峰形变坏。

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