肥料溶解与混匀：施用液态肥料时不需要搅动或混合，一般固态肥料需要与水混合搅拌成液肥，必要时分离，避免出现沉淀等问题。施肥量控制：施肥时要掌握剂量，注入肥液的适宜浓度大约为灌溉流量的0.1%。例如灌溉流量为50m3/亩，注入肥液大约为50升/亩；过量施用可能会使作物致死以及环境污染。灌溉施肥的程序分3个阶段：一阶段，选用不含肥的水湿润；选择喷头时需特别注意的是，灌溉系统不是喷泉，其目的是为了弥补植物需水时空上的不足，而不是创作人工水景。二阶段，施用肥料溶液灌溉；三阶段，用不含肥的水清洗灌溉系统。

无土栽培情况下，并没有使用任何有机肥，作物一样可以生长的很好，证明只要通过水肥一体化进行合理的养分供应，大田里可以完全不用有机肥。以色列在沙漠一样的土质上，通过水肥一体化，不是一样做出了强大的农业？有机肥是不能被替代的，即使有水肥一体化设备，为了生产出高品质果品，必须以有机肥为主。日本的高品质水果，都是在有机质含量极高的土壤上种植出来的。对蜗轮蜗杆式(叶轮式)喷头则应清洗检查后在蜗杆、齿轮及空心轴、套轴等处涂油,装好。

通过微灌系统，水泵一开便捷浇水，肥料溶进施肥罐，随水轻松快速施肥。水肥一体化系统切切实实解决了很多果园浇水难施肥难的问题，也大幅提高了水肥利用率，节约了肥料和水的使用量。但是，在水肥一体化硬件设施的基础上，要实现科学合理的水肥管理，还有相当长的路程要走。这种布置抗风能力较强，喷洒均匀度要高于矩形或正方形，同时所用喷头的数量相对较少，但不易作到使各条支管的流量均衡。现实情况就是这样，很多种植者在本该避免的问题上又犯了错误，甚至陷入一些不科学的水肥管理误区。