有文献报道在使用颗粒污泥低温驯化后处理底浓度制药废水的实验中，COD的去处率达90%，取得了较好的效果。反应器排出的混合液首先在沉淀池中进行固液分离，污水由沉淀池上部排出，沉淀池下部的污泥被回流至厌氧消化池内。反应器内pH值范围应控制在产甲1烷菌适的范围内(6.8-7.2)。由于不同性质的废水有不同的pH值，为了保证反应器内pH值的稳定，防止酸积累而产生的对产甲1烷菌的***，可采用向废水中添加化学***如NaHCO3、Na2CO3、Ca(OH)2等物质。

甲1烷菌得不到这些必要的元素进行生命活动，其活性会受到极大的***。超负荷运行，实际上就是负荷量超过了厌氧污泥中产甲1烷菌的产甲1烷能力，而此时的负荷量往往并没有超过厌氧污泥的水解酸化能力。其结果是，反应器的酸化不可避免。如果厌氧颗粒污泥pH值异常，即其pH值出现大于厌氧反应器出水pH值的情况(一般情况下，正常运行时厌氧颗粒污泥值与厌氧反应器出水pH值相同或略小)，有大量厌氧颗粒污泥外观不呈颗粒状并伴有破碎现象，出水颗粒污泥流失严重，颗粒污泥开始大量失去活性甚至全部失去活性。

厌氧反应器一般都是投加厌氧颗粒污泥的,接种污泥数量大小10-15%。颗粒度的测量方法：取约200~500ml的厌氧污泥，静置后排出上清液，记录体积为V1，然后像“淘米”一样，反复用清水将絮状污泥洗出，留下颗粒污泥，记录体积为V2，V2/V1就是颗粒度。但是很多情况下，环保公司为了省钱，让现场调试人员用活性污泥驯化出颗粒污泥。当一个厌氧反应器需要进行生物启动时，如果需要处理的有机负荷小于该反应器大的处理负荷时，可以按照需处理的有机物总量核算出相应的厌氧污泥接种量，而没有必要满量接种，从而降低厌氧污泥的采购成本。