洁净厂房在连续排水温度介于40～80℃时，建议采用既具有较高耐温性能，又有较好水力性能及化学稳定性的璃纤增强聚烯排水管。为防止洁净室外未净化空气渗入室内，同时也为了防止洁净室内的洁净空气向外渗漏，厂房净化工程，造成能量的浪费，甚至影响室内的洁净度。与排水管相连的各个排水点均应设水封装置，水封深度不得小于50mm?。这是维持洁净室内各项技术指标的一个重要措施。

洁净厂房内的生产用水系统可按生产线的数量，分别布置，建议每条生产线给水系统的起端均设置检修阀门及计量水表，以便检修和成本核算。洁净厂房管道的内外壁应尽量光洁，管道及管件的接头处应有较好的平整度，无尘净化工程，以保证水流有较好的水力性能，以及降低微粒的沉积和微生物的繁殖。为了进一步防止室内洁净空气通过排水管向外渗漏，同时也为防虫防鼠，洁净区排水出户管末端在接到室外检查井之前，往往还增设水封井。