与排水管相连的各个排水点均应设水封装置，水封深度不得小于50mm?。这是维持洁净室内各项技术指标的一个重要措施。洁净区内设置厕所不仅容易使洁净室受到污染，还会影响洁净区的压力控制，所以有空气洁净度要求的生产区内不宜设厕所。为防止洁净室外未净化空气渗入室内，同时也为了防止洁净室内的洁净空气向外渗漏，造成能量的浪费，甚至影响室内的洁净度。

给排水管道穿过洁净室墙壁、楼板和顶棚时，应设套管，工业洁净工程，套管内管段不得有接头，管道和套管之间必须用不起尘的密封材料封闭。为保证生产水质不被其它给水系统污染，洁净厂房内的给水系统按照生产、生活、消防等用途不同，合肥洁净工程，应分别设置。建议洁净厂房给水管材采用聚烯(PP)管或不锈钢管。连续排水温度高于80℃时，采用排水铸铁管，但应注意防腐处理。