一是由于工程成本的制约，一些中、小洁净工程设计和施工单位不按***标准施工，造成设计的洁净室不符合洁净厂房设计规范，无法满足企业生产的需要。二是将洁净室性能检测和测评工作混为一谈，有些企业认为完成竣工检测就可以投入生产，而忽视了洁净室的综合测评工作，这两者实施主体不同、检测内容不同，不可省略任何一个环节。三是洁净室本身的问题，洁净室打扫不彻底、不规范、洁净室通风设备不合理、洁净室布局不科学等。

现如今，洁净技术已广泛应用于各行各业的工业产品生产或其他要求防止粒子污染、微生物污染的环境控制，由于各行业的产品特性不同、各个产品的生产工艺流程不相同，使用要求不一样，因此要求控制环境的内容、指标均不会相同。严防一切灭菌器材和培养基污染，已污染者应停止使用。 洁净车间无菌室应定期用适宜的消毒液灭菌清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。 需要带入洁净车间无菌室使用的仪器、器械、平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法灭菌。

净化车间的墙角，地角和顶角曲率半径不小于3厘米呈弧形。净化车间的顶面用的材料要便于清洁，有水蒸气产生的作业区域，顶面所用的材料还要不易凝结水球，在建造时要形成适当的弧度，以防冷凝水滴落到产品上。车间门窗有防虫，防尘及防鼠设施，所用材料应耐腐蚀易清洗。窗台离地面不少于1米，并有45 度斜面。供水与排水设施，净化车间内生产用水的供水管应采用不易生锈的管材，供水方向应逆加工进程方向，即由清洁区向非清洁区流。

施工中会出现各种矛盾，需要施工方与设计、建设方合作，在保证洁净室施工质量的前提下进行合理变更。如在对某洁净室改扩建工程检查中发现，原设计的风管尺寸在主体大楼楼层高度受限制的吊顶层内根本无法施工，后经施工方与设计人员和建设方协调，在不影响工程质量的前提下，将风管尺寸从方形变为扁形，既满足了风量要求，又保证了施工吊顶高度的要求。