扫描仪由于矩阵型CCD传感器的像素总数巨大，所以矩阵型CCD传感器上的像素点总会出现坏的像素点。根据通用商业测算规则，对于一个有效像素5000万像素的矩阵型CCD传感器，可能会出现4000个坏像素点，其中1多可出现50个坏点集群行和20个坏点集群列。这些损坏的像素点区域在采集影像信息时，必须通过软件插值的方法进行校正。

扫描仪由于软件插值的算法问题，在软件校正的同时，与坏像素点临近的正常像素点的色彩信息也会被错误的修改。实际上，即使是软件插值较正也只是尽可能的接近真实的色彩。除此之外，考虑“颜色插值”的问题也是个好主意。大多数矩阵型CCD传感器扫描仪受限于每个像素点只有一种颜色能被取样，丢失的色彩信息只能由临近像素点通过软件插值的方法生成。

在用“颜色插值”处理高清晰和高对比的原始文档时，会因为“莫尔效应”导致图像变形扭曲。德国研究会在制定数字化指导书时，针对这个问题，建议在扫描精致图案和凹版印刷的资料时，采用线形CCD扫描仪。扫描仪使用者不应被矩阵型CCD扫描仪供应商声称的高像素信息所迷惑。因为对于矩阵型CCD传感器而言，重要的是实际的分辨率，不是软件插值分辨率。对于纸质档案利用***扫描仪转换成可储存在电脑上或刻成光盘，便于保存及查阅的，称之为档案数字化。

扫描仪的普及率越来越高，但是这些外设的故障也比较多，而失败的原因也比较复杂。上一页手持式扫描仪，滚筒式扫描仪现在已经不是市场的主流。在大幅面扫描仪中使用的CCD的电荷的光敏元件耦合的设备和两种接触式图像传感器CIS的。通过光反射CCD大幅面扫描仪成像透镜，彩色更鲜艳。为了节省时间扫描，一些用户的方便起见，经常被忽视的预扫描步骤。事实上，在正式扫描，预扫描功能是必要的，这是为了保证扫描的关卡。