内生菌不能被一般的表面消毒方法所消除，它将随着材料进入培养过程，引起不同程度的污染，产生程度不一的危害，在早期往往会导致培养失败，增殖率降低，培养物生长减缓，玻璃化苗增加等;后期则导致试竹苗移栽困难和死网。南天竹为常绿灌木，在外植体接种时往往因为消毒不彻底而将内生菌带入培养体系。

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