能源审计是一套科学的、系统的和操作性很强的程序，这套程序引用了如下原理方法：物质和能量守恒原理、分层嵌入原理、反复迭代原理、穷尽枚举原理。

物质和能量守恒原理：物质和能量守恒这一大自然普遍遵循的原理，是能源审计中尤为重要的一条原理，是进行能源审计的重要工具。在获得被审计用能单位的资料后，可以测算能源投入量、产品的产量，在此期间建立一种平衡，则将大大有助于弄清用能单位的能源管理水平及其物质能源的流动去向，帮助发现用能单位的能源利用瓶颈所在。物质和能量守恒这种工具是对用能单位用能过程进行定量分析的一种科学方法与手段，是用能单位能源管理中一项基础性工作和重要内容，开展用能单位能源审计必须借助这一原理。

分层嵌入原理：分层嵌入原理是指在能源审计中，能源利用流程的四个环节（购入贮存、加工转换、输送分配、至终使用）都要嵌入能源利用效率低和能源浪费在哪里产生、为什么会产生能源利用效率低和能源浪费、如何解决能源利用效率低和能源浪费这三个层次，在每一个层次中都要嵌入能源、技术工艺、设备、过程控制、管理、员工、产品、废弃能这八个方面。在能源审计的各个阶段都要都要从四个环节出发，利用三个层次，从八个方面入手弄清位置，找准原因，解决问题。

参照《企业能源审计技术通则》(GB/T 17166)、《节能监测技术通则》(GB/T 15316)、《设备热效率计算通则》(GB/T 2588)、《综合能耗计算通则》(GB/T 2589)、《企业能耗计量与测试导则》(GB/T 6422)、《企业节能量计算方法》(GB/T 13234)、《工业企业能源管理导则》(GB/T 15587)、《用能单位能源计量器具配备与管理通则》(GB/T 17167)、《评价企业合理用热技术导则》(GB/T 3486)、《评价企业合理用电技术导则》(GB/T 3485)、《评价企业合理用水技术导则》(GB/T 71 19)等有关标准及***、地方***或企业的能源消耗规划、计划等文件。