茎腐病是目前受关注的一类银杏病害。感病初期，茎基部接近地表处表皮层***及地下根部***变褐色，产生水渍状病斑，地上叶片失绿、低垂，随之病部蔓延包围茎基，向苗木上部扩展，终导致全株枯死，此时叶片桔黄下垂但不脱落。苗木茎皮层肥肿皱缩，剥开受害皮层，可见皮层下已腐烂呈海绵状或粉末状，灰白色，其问充满许多黑色细小的菌核。4月开花，10月成熟，种子具长梗，下垂，常为椭圆形、长倒卵形、卵圆形或近圆球形。病害向根部扩展，使根系韧皮部褐色腐朽，皮层全部腐烂，其上生灰白色菌丝体，用力拔苗，可见根系皮层脱落。

银杏干枯病，又称银杏胴枯病。发生病害后，树皮上产生圆形或不规则形病斑，并日渐肿大，树皮纵向开裂。春季，在受害树皮上，可见许多枯***的庞状子囊抱子座。当天气潮湿时，可从疣状子座内挤出一条条淡***或***卷须状的分生孢子角。秋季，子座变枯红色到酱红色，中间逐渐形成子囊壳。生态银杏的生态效益主要体现在银杏既属于果树——干果又属于林木作用材树种、防护树种、抗病虫树种、长寿树种及耐污染树种。随病斑蔓延，树状可成环状坏死，后导致枝条和植株。

银杏树栽植前一定要做好挖穴处理，穴的位置要防线确定，穴的距离要看银杏树的大小来定，穴的大小也要看银杏树的根系或土坨的大小来定。一般穴的大小应该是根系大小或土坨大小的两倍以上，这样才利于银杏树栽植后期银杏树新根的生长。有的栽植银杏树在挖穴的时候，把穴挖的与银杏树的土坨大小一般，这样的话银杏树的成活率就降低了很多。现在的银杏树市场，鱼龙混杂，银杏树的质量有好有差，不过大体可以分为两部分，一部分为带土坨的银杏树，一部分为裸根的银杏树。