在秸秆生物发酵添加剂中，依旧存在一些未知的或有争议的问题，譬如两个或多个不同的微生物添加剂结合发酵时，微生物之间可能会产生拮抗作用；对于大多数混合菌体系中间菌的相互作用关系及其作用机理的研究尚不完善，对于菌株的筛选和组合在方法上还不健全；其次酶制剂与菌混合发酵时，之间是否存在拮抗作用尚不明确还有待研究。对于以上问题，还需要从生理、代谢的角度深入研究菌株降解秸秆的作用机理和发酵产酶工艺以及菌株与发酵产物及菌株与发酵底物之间的相互作用关系和作用机制，使得玉米秸秆资源的使用更科学、。挖窖选择土质坚实，地势高燥，背风向阳，雨水不易冲淹的地方建造青贮窖。窖形一般有圆形与长方形之分，窖壁平直光滑，不透水，不透气。窖的宽度一般应小于深度，较好的比例是1：1．5-2，利于原料本身重量将其压实，并能降低损耗量。窖的大小应根据青贮数量及养畜头数来决定，圆形的一般直径在1．7-3米之间，深度以3-4米为宜，底部要呈锅底形。规模养畜场宜采用长方形窖，宽度在1．7-3米之间，深度以2．3-3．3米为宜，长度随青贮数量而定。长方形窖的边角应呈圆形，以利原料的下降和压实。为减少青贮料的损失，窖底和四周应铺一层塑料薄膜。青贮料的装填原则是，一要迅速。青贮窖要当天装满。当天封窖，避免青贮料在装满密封前变质，即使大规模青贮也要在2d之内装完。当前许多养殖户普遍建立了大池，当天不能装满封池，甚至几天暴露于空气之中，使菌在有氧条件下迅速分解原料中的营养物质，从而使原料发霉变质，使青贮质量降低；二要压实。青贮料压得越实越好，大型窖用机械的方式压实。压不到的地方要用人工踩实。用塑料袋装青贮应避免塑料袋损坏。)