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转录组测序转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与***组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其***表达情况是不相同的。转录组测序(RNA-Seq)是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,快速地获取某一物种特定qi官或***在某一状态下的转录本。相对于传统芯片而言,RNA-Seq无需预先设计探针,即可对物种的细胞类型的转录组进行检测,能够提供较的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的良好工具。DNA测序检测1.PCR测序反应(1)取0.2ml的PCR管,用记号笔编号,将管插在颗粒冰中,按下表加***:所加***测定模板管标准对照管BigDyeMix1μl1μl待测的质粒DNA1μ1pGEM-3Zf()双链DNA-1μ1待测DNA的正向引物1μ1M13(-21)引物-1μ1灭菌去离子水2μ12μ1总反应体积5μ1,不加轻矿物油或石蜡油,盖紧PCR管,分子生物学服务,用手指弹管混匀,稍离心。(2)将PCR管置于9600或2400型PCR仪.上进行扩增。98C变性2min后进行PCR循环,分子生物实验室,PCR循环参数为96C10s,50C5s,60°***min,25个循环,扩增结束后设置4C保温。2.乙醇法纯化PCR产物(1)将混合物离心,分子生物学检查,将扩增产物转移到1.5mlEP管中。(2)加入25μ1/乙醇混合液,充分振荡,置冰上10min以沉淀DNA。12000r/min于4C离心30min,南京分子生物,小心弃上清。(3)加70%(V/V)的乙醇50μ1洗涤沉淀2次。12000r/min于4C离心5min,小心弃上清和管壁的液珠,真空干燥沉淀10~15min。3.电泳前测序PCR产物的处理。(1)加入12μ1的TSR于离心管中,剧烈振荡,让其充分溶解DNA沉淀,稍离心。(2)将溶液转移至盖体分离的0.2mlPCR管中,稍离心。(3)在PCR仪上进行热变性(95C2min),冰中骤冷,待_上机。4..上机操作按仪器操作说明书安装毛细管,进行毛细管位置的校正,人工手动灌胶和建立运行的测序顺序文件。5.仪器将自动进行序列分析,并可根据用户要求进行序列比较。如测序序列已知,可通过序列比较以星号标出差异碱基处,提高工作效率。6.测序完毕按仪器操作规程进行仪器清洗与***。microRNA芯片:RNA干扰(RNAInterference,RNAi)现象是一种进化上保守的抵御转***或外来病毒qin犯的防御机制。将含有靶***mRNA同源互补序列的RNA(DoublestrandRNA,dsRNA)导入细胞后,能够特异地识别该mRNA,引起mRNA的降解,从而导致相应的功能缺失。RNAi提供了一种经济、快捷、gao效的***特异***表达的技术手段,该技术已被广泛用于研究***功能和chuan染性***及恶xingzhong瘤***zhi疗领域。目前常用的RNA干扰手段为miRNA、shRNA和siRNA等。MiRNA是一类可以通过RNAi机制调节***表达的内源性小RNA,人工miRNA与shRNA的设计原理基本相同,由于miRNA具有内源性,因此其更易产生有效的***沉默。技术流程:dsRNA或pre-miRNA被导入细胞后,能够被一种特异的核酸内切酶(Dicer)识别并切割成为小片段,这些片段在RNA解旋酶的作用下解链。继之反义链在与体内一些酶(包括内切酶、外切酶、解旋酶等)结合形成RNA诱导的沉默复合物(RNA-InducedSilencingComplex,RISC),RISC与mRNA同源区进行特异性结合,若miRNA与mRNA的结合位点配对,则切割mRNA;若miRNA与mRNA的结合位点不配对,则***mRNA的翻译。分子生物学服务-南京分子生物-英瀚斯由南京英瀚斯生物科技有限公司提供。南京英瀚斯生物科技有限公司(www.enhancer-/)坚持“以人为本”的企业理念,拥有一支技术过硬的员工***,力求提供更好的产品和服务回馈社会,并欢迎广大新老客户光临惠顾,真诚合作、共创美好未来。英瀚斯——您可信赖的朋友,公司地址:江苏省南京市栖霞区和燕路371号东南大学***大学科技园科创楼A301,联系人:戴经理。)
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