在发酵物料的后处理方面，大多数企业加入功能菌进行复配、定形，产品剂型以粉尘为主，但也有采用滚筒造粒或挤压造粒的。颗粒产品克服了粉的剂产品外观差、层次低的缺点，提高了产品的商品性，但同时也提高了企业的生产成本，并对有效菌的存活产生了一定影响。由于生物有机肥相比普通有机肥生产成本较高，主要应用在蔬菜、水果、***等高附加值的经济作物上，并取得了较好的效果。与单施化肥相比，生物有机肥的施用可显著增加大白菜和西瓜的直径、单株（果）质量；还可改善番茄、辣椒的品质，使番茄和辣椒中***C及还原糖的含量增加。通过研究不同施肥方式对生菜品质的影响，发现施用阿姆斯生物有机肥可使生菜***C含量增加，总酸降低，糖酸比显著增加，同时可显著降低易诱发***的消酸盐含量，在改善生菜口感、提高产品安全性方面具有重要作用。生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。一、生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。二、生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。三、生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。)