高新技术企业申请中面临的主要问题是证实企业研发费用的真实性。《高新认定管理办法》对于高新技术企业近三个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例有严格的要求，该项指标是主管***认定高新技术企业的一项核心指标。在高新申报资料中，近三年的《企业年度研究开发费用结构明细表》和近三年研发费用专项审计报告用来证明企业研发费用的真实性。建议企业对每个研发项目的研发费用作专账管理，或者计入辅助账，以反映企业研发费用的支出情况，为企业研发费用归集的准确性和可靠性提供更有力的支持。高新技术企业申请中面临的主要问题是注重主营业务与核心自主知识产权的相关性。根据《高新认定管理办法》与《高新认定管理工作指引》的规定，对高新技术企业知识产权的要求是：(1)指发明、实用新型、以及非简单改变产品图案和形状的外观设计(主要是指：运用科学和工程技术的方法，经过研究与开发过程得到的外观设计)、软件著作权、集成电路布图设计专有权、植物新品种等。(2)须在中国境内注册，近三年通过自主研发、受让、受赠、并购获得的，或享有五年以上的***范围内独占许可权利(高新技术企业的有效期应在五年以上的独占许可期内)，并在中国***的有效保护期内。***高新技术企业申报程序1、企业自我评价。企业应对照《认定办法》第十条的规定进行自我评价，认为符合条件的，按照本通知要求进行申报；2、网上注册、申报。企业登录“高新技术企业认定管理工作网”进行注册登记，并按要求在网上填写申报材料；3、税务审核。企业将申报材料报征收企业所得税的主管税务部门审核，由主管税务部门在企业基本信息表上盖章；4、地方初审。各市科技局会同财政局、国税局、地税局对辖区内企业申报材料进行初审，并形成初审意见；5、报送材料。各市认定工作机构须正式行文上报材料。上报文件和高新技术企业申报推荐汇总表须加盖科技局、财政局、国税局、地税局公章，连同辖区内企业申报材料（一式二份），由各市科技局在材料报送截止时间前，统一报送至省政务中心科技厅窗口。)